Decyzja o włączeniu danej sprawy do prac Programu Spraw Precedensowych podejmowana jest przez Radę Programową. Rada Programowa jest również odpowiedzialna za kontrolę działań podejmowanych w ramach Programu.

Pierwsze spotkanie Rady Programowej miało miejsce w październiku 2004 r. Członkowie Rady Programowej omówili na nim zakładane cele, metody oraz instrumenty, które będą wykorzystywane w prowadzeniu Programu. Rada Programowa ustaliła, iż w ramach Programu powinny być przede wszystkim prowadzone sprawy, które znacząco mogą zmienić przepisy prawne, ich interpretację lub praktykę orzeczniczą w zakresie ochrony praw człowieka, lub też sprawy mogące istotnie wpłynąć na zmiany społeczne w określonych dziedzinach. Nie zostały ustalone jakieś szczególne ograniczenia co do zagadnień z zakresu ochrony praw człowieka, którymi zajmował się będzie Program.

• Wiktor Osiatyński, profesor prawa na Central European University w Budapeszcie, członek Rady Programowej Open Society Institute;
• Piotr Kładoczny, doktor prawa, adiunkt w Katedrze Prawa Karnego Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego, koordynator programu „Działania prawne w interesie publicznym” w HFPCz.
• Prof. dr hab. Roman Wieruszewski - wiceprzewodniczący Rady Naukowej INP PAN, w latach 1998-2000 i 2003-2006 członek Komitetu Praw Człowieka ONZ, obecnie kierownik Poznańskiego  Centrum Praw Człowieka, członek Rady do spraw Uchodźców, ekspert  d/s praw człowieka OBWE, zainteresowania badawcze: system międzynarodowej ochrony praw człowieka, prawo konstytucyjne.
• Prof. dr hab. Fryderyk Zoll – pracownik Katedry Prawa Cywilnego Wydziału Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego, autor polskich i zagranicznych publikacji z zakresu prawa prywatnego, redaktor naczelny Transformacji Prawa Prywatnego
• Agnieszka Graff, doktor nauk społecznych, działaczka feministyczna, adiunkt w Ośrodku Studiów Amerykańskich Uniwersytetu Warszawskiego, autorka książki „Świat bez kobiet”;
• Filip Wejman, LL.M. (Harvard), kierownik Szkoły Prawa Amerykańskiego na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego, członek redakcji periodyku „Transformacje Prawa Prywatnego”.
• Prof. dr hab. Jan Barcz, kierownik Katedry Prawa Międzynarodowego i Prawa UE w Kolegium Prawa Akademii Leona Koźmińskiego w Warszawie, profesor SGH w Warszawie, członek Komitetu Redakcyjnego miesięcznika "Państwo i Prawo"; autor około dwudziestu monografii i ponad 150 artykułów naukowych;
• dr hab. Grzegorz Janusz, kierownik Zakładu Praw Człowieka Wydziału Politologii UMCS, członek Komitetu Badania Polonii PAN (2001 - 2004) i Komitetu Badań nad Migracjami Ludności i Polonią PAN (2007 - 2010);
• dr Wiesław Staśkiewicz, wykładowca socjologii prawa i teorii prawa w Katedrze Filozofii Prawa i Nauki o Państwie Wydziału Prawa i Administracji UW.